Pese a que no existan numerosos establecimientos para dormir en San Millán de la Cogolla, la oferta de alojamiento de la localidad es sólida y de calidad. La Hostería de San Millán es uno de los principales servicios de alojamiento y está emplazada en el Monasterio de Yuso, un edificio cargado de historia y arte. La hostería cuenta con un total de 25 habitaciones completas decoradas con gusto clásico, vistas a las montañas, TV, WiFi gratuita y hasta carta de almohadas. Además, presenta una serie de servicios adicionales como un buen restaurante de cocina regional y las infraestructuras necesarias para celebrar eventos.
Otro establecimiento recomendable es La Calera, un hotel rural que cuenta con habitaciones confortables y perfectamente acondicionadas. Todas ellas tienen calefacción, TV y un amplio baño. Están decoradas de manera rústica con techos de vigas y suelos de madera. Cabe mencionar que tienen unas instalaciones de calidad como sala de hidromasajes y también amplios jardines.
La Posada de San Millán, es otro de los establecimientos recomendables a la hora de dormir en San Millán de la Cogolla. Se encuentra dentro de los antiguos jardines tapiados del monasterio de Yuso y ofrece a sus clientes cómodas habitaciones donde disfrutar de las preciosas vistas. Todas ellas están equipadas con calefacción, tv y baño privado. Además ofrece la posibilidad de organizar actividades por los alrededores.